99% の場合、適切でないパーミッション設定で起こります。もう一度スクリプトに使われていますパーミッション設定をご確認下さい。 (CHMOD 755)

あと、アップロード時 ASCII（binaryではありません） で転送したかも問題です。ちゃんとスクリプトが実行できないために起こるエラーです。[FTP Q＆Aもご参照下さい]